En reconocimiento a sus condiciones, el 9 de febrero de 1854
fue ascendido a Capitán de Ejército Pedro Lagos Marchant con
sólo 22 años de edad. La viva inteligencia y capacidad,
unidas a su seriedad y buenos conocimientos, lo destacaron
entre sus compañeros, razón por la cual inició con éxito su
carrera militar.
Aunque fue la segunda etapa de su carrera militar la que lo
inmortalizó en la historia, considerándosele como uno de los
mejores estrategas de su época, que los demostró con la toma
del Morro de Arica el 7 de junio de 1880, plaza rendida en
solo 55 minutos, durante la Guerra del Pacífico.
Cabe consignar que el General Manuel Baquedano González le
encargó el plan de captura de esta ciudad, al entonces
Coronel Lagos, quién planificó el asalto con un contingente
de 4 mil soldados, divididos en tres grupos. Los blancos eran
el fuerte del Este, el fuerte Ciudadela y finalmente El
Morro.
La toma de los dos primeros fue rápida. Sin embargo, para la
toma del Morro, Lagos planificó esperar al Regimiento Buín en
el fuerte Ciudadela, de manera de potenciar el ataque, pero
un soldado gritó: «¡Al Morro, muchachos!», provocando el
asalto en masa.
Los soldados enardecidos, cargaron y llegaron a la plazoleta
del Morro de Arica, izando la bandera chilena en el mástil de
éste a las 7 horas 55 minutos. La hazaña se realizó
heroicamente. Lagos solo había solicitado las suficientes
municiones, para una hora y media de combate.
Con la captura de la plaza fortificada de Arica, se aseguró
la línea de abastecimiento para la Campaña de Lima, donde
Lagos tuvo una valiosa participación en las batallas de
Chorrillos y Miraflores, ambas efectuadas en enero de 1881.
En marzo de ese año fue nombrado Comandante en Jefe del
Ejército de Ocupación, en reemplazo de Baquedano. Luego en
junio, el Senado lo nombró General de Brigada, siendo
integrado en la Comisión Calificadora de Servicios.
Finalmente, recibió el cargo de Comandante General de Armas
de Santiago, en noviembre de 1881.
Al año siguiente fue elegido Diputado por Rancagua por el
período 1882 a 1885, pero falleció en la ciudad de
Concepción, antes de terminar su mandato, el 18 de enero de
1884, a los 51 años de edad. Los restos de este Héroe chileno
descansan en el patio histórico del Cementerio General de
Santiago.