En la ciudad de Concepción falleció el 22 de junio de 1563,
Francisco de Villagra Velázquez, a los 52 años de edad. Fue
enterrado en la Iglesia San Francisco de esa ciudad,
vistiendo el hábito de religioso franciscano, como él lo
había solicitado en su lecho de enfermo.
Villagra fue uno de los conquistadores que acompañó a Pedro
de Valdivia en su venida a Chile, convirtiéndose en el hombre
de confianza del gobernador. Participó en la fundación de la
ciudad de Santiago el 12 de febrero de 1541, y tuvo el honor
de ser el primer Regidor del primer Cabildo de Santiago.
Posteriormente, en ausencia de Valdivia, debió defender la
ciudad de Santiago contra el ataque e incendio provocado por
el Cacique Michimalongo y sus huestes, el 11 de septiembre de
ese año. En esta batalla tuvo una valiosa participación Inés
de Suárez, la única mujer española y pareja de Valdivia que
se encontraba en la ciudad.
Villagra nuevamente ostentó el cargo de Regidor en 1546 y
1547. Pero en esa época el país se encontraba desabastecido
por las continuas batallas que los conquistadores tenían con
los nativos. Entonces, Valdivia decidió ir personalmente a
Perú en busca de nuevos recursos, nombrando a Villagra
Teniente Capitán General, dejándolo como Gobernador Interino
del Reino de Chile, a fines de 1547.
Durante su gobierno, que se prolongó de diciembre de 1547 a
junio de 1549, Villagra desorganizó la maquinación de Pedro
Sancho de Hoz para apoderarse del poder y lo mandó a
decapitar. Pero también, bajo su mandato, la ciudad de La
Serena fue destruida por los indígenas.
Al retomar el mando del país Valdivia, envió a Villagra a
Perú en agosto de 1549, en busca de nuevos refuerzos,
retornando éste recién en 1551. A su regreso, comenzó a
explorar el sur del país con el objetivo de conocer el área
territorial para repartir y poblar con nuevos conquistadores
la zona.
En 1553 alcanzó a reconocer por primera vez los lagos Puyehue
y Rupanco, además toda la costa occidental del seno de
Reloncaví y parte de la del golfo de Ancud, y la orilla
derecha del canal de Chacao hasta salir al Pacífico rodeando
la bahía de Ancud. Pero al establecer su campamento en Osorno
recibió la noticia de la muerte de Valdivia a manos de los
araucanos, en diciembre de ese año.
Por esta razón, debió dirigirse al norte, lo que frustró el
propósito de fundar y realizar repartimientos de tierras e
indígenas. En esas circunstancias fue nombrado Gobernador por
el Cabildo de Concepción. Pero al mismo tiempo, el Cabildo de
La Serena eligió como Gobernador a Francisco de Aguirre y el
de Santiago a Rodrigo de Quiroga.
Este sistema de gobierno no resultó y las disputas por el
poder continuaron hasta que la Real Audiencia de Lima
determinó en febrero de 1556, que Villagra asumiera como
Corregidor y Justicia Mayor del Reino. Pero los problemas de
poder continuaron entre los viejos conquistadores.
En forma paralela a la disputa por el poder, Villagra debió
organizar la defensa española ante el alzamiento indígena.
Inició una campaña militar en febrero de 1554 en la que la
suerte no lo acompañó, pues fue derrotado por el ejército de
Lautaro en la Batalla de Marihueñu. Como resultado de este
combate, la ciudad de Concepción debió ser despoblada.
Villagra emprendió una nueva campaña en el verano de 1557,
enfrentándose a las fuerzas del Cacique Lautaro en abril de
ese año en la Batalla de Peteroa, donde la victoria fue
española, costándole la vida al líder araucano.
La disputa por el poder en el Reino terminaron ese año,
cuando llegó a Chile el nuevo Gobernador García Hurtado de
Mendoza. La primera medida que éste adoptó al llegar a La
Serena fue apresar a Francisco de Aguirre, y luego a fines de
abril, envió a un emisario para que hiciera lo mismo con
Villagra, quien se encontraba en Santiago.
Ambos fueron embarcados hacia Lima, donde la Real Audiencia
los juzgó. A Villagra se le acusó de haber asumido el mando
por la fuerza y de haber sacado el oro de las cajas reales
para emplearlo en la defensa del Sur. A pesar de la gravedad
de los cargos, fue absuelto el 10 de noviembre de 1559.
Sin embargo, el Rey Felipe II lo nombró gobernador en
reemplazo de Hurtado de Mendoza, un año antes de que fuera
absuelto, el 20 de diciembre de 1558, pero llegó a La Serena
recién en junio de 1561, junto con la peste de la viruela que
traía la embarcación, lo que provocó graves estragos en el
país. A este problema, se le sumó el reinicio de la Guerra de
Arauco, durante su gobierno.
Por este motivo, debió dirigirse al sur, pero al llegar a
Cañete para organizar el ejército, se hizo crítica la
enfermedad de gota que le afectaba, impidiéndole caminar, por
lo que tuvo que ser trasladado en camilla a los distintos
lugares sureños que visitó. Finalmente se instaló en
Concepción y desde la cama le dio las instrucciones a sus
hijo Pedro de Villagra para combatir a los indígenas.
En estas numerosas batallas con los nativos murió el hijo y
el yerno de Villagra. Este desastre fue el comienzo de un
levantamiento general de los indígenas comandados por el
Cacique Colo Colo. Adicionalmente, Villagra debió enfrentar
un conflicto entre las autoridades eclesiásticas en Santiago.
También hubo escándalos provocados por las fuerzas armadas.
Frente a tales acontecimientos, Villagra le escribió al Rey
solicitándole el regreso de Hurtado de Mendoza. Se sucedieron
nuevos desastres en el país y tales noticias postraron
definitivamente en cama al Gobernador, entregándole el mando
de Chile a su primo Pedro de Villagra el 20 de junio de 1563,
falleciendo dos días más tarde.